1、不同省市特殊门诊病种完全不同。目前武汉市特殊门诊病种31类，南京市7类（含精神病）、长沙45类、广州55类等，有的患者患有肝豆状核变性病，在长沙、广州可以享受特殊门诊待遇，看门诊或买药可以直接报销，在北京、南京就没有相关待遇，必须要住院治疗才能报销。2、不同省市之间报销金额及比例不同，像北京市不设月度封顶线，直接按照住院待遇执行，其他省市大多还是会有单项封顶。3、特殊门诊异地就医结算，成为不少省市关注的话题，目前像广东省年内实现省内普通门诊和特殊门诊直接结算，不过特殊门诊跨省治疗目前还是推进中