民事纠纷不会留案底。民事纠纷只是在派出所留有问询记录或调解记录，不叫案底。留有案底的是属于刑事案件。民事纠纷如果上升到刑事案件就要留案底了。法律依据。《中华人民共和国刑事诉讼法》。第二百七十五条 犯罪的时候不满十八周岁，被判处五年有期徒刑以下刑罚的，应当对相关犯罪记录予以封存。犯罪记录被封存的，不得向任何单位和个人提供，但司法机关为办案需要或者有关单位根据国家规定进行查询的除外。依法进行查询的单位，应当对被封存的犯罪记录的情况予以保密。