1、发放年终奖的当月工资高于5000元时，年终奖扣税方式为：年终奖x税率-速算扣除数，税率是按年终奖/12作为“应纳税所得额”对应的税率。2、当月工资低于5000元时，年终奖个人所得税=(年终奖-(5000-月工资))x税率-速算扣除数，税率是按年终奖-(5000-月工资)除以12作为“应纳税所得额”对应的税率。法律依据。《中华人民共和国税收征收管理法》。第一条 为了加强税收征收管理，规范税收征收和缴纳行为，保障国家税收收入，保护纳税人的合法权益，促进经济和社会发展，制定本法。第二条 凡依法由税务机关征收的各种税收的征收管理，均适用本法。第三条 税收的开征、停征以及减税、免税、退税、补税，依照法律的规定执行；法律授权国务院规定的，依照国务院制定的行政法规的规定执行。