机构性质区别。交通运输局是行政机关，在编人员使用行政编制即公务员。公路局在2018年党政机构改革前多数为参照公务员管理事业单位，改革后除少数保留参公或转行政外，其余绝大多数公路局均剥离行政职责转公益类事业单位，更名为“公路事业发展中心”，不再保留“事业局”列入公务员法管理，原有人员保留参公身份和待遇过渡消化，新录用人员全部按照新的三定使用普通事业编制，不再通过公务员考试招录，改由事业单位统考进人。一个是公务员，一个是事业编。法律依据。《地方各级人民政府机构设置和编制管理条例》。