1、法律依据不同。劳动合同的法律依据是《劳动法》、《劳动合同法》等。聘用合同的法律依据是《关于在事业单位试行人员聘用制度意见的通知》和《事业单位人事管理条例》等。2、法律关系主体不同。劳动合同用人单位一方包括企业、事业单位、国家机关，另一方是劳动者。聘用合同用人单位为事业单位，另一方为劳动者。3、未签订合同的法律后果不同。根据《劳动合同法》，用人单位超过一个月不满一年未与劳动者签订劳动合同，应当支付劳动者双倍工资，用人单位应当与劳动者签订无固定期限劳动合同而未签订的，应向劳动者支付双倍工资。根据《事业单位人事管理条例》，事业单位未与其聘用的人员签订聘用合同，由县级以上事业单位人事综合管理部门或者主管部门责令限期改正；逾期不改正的，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予处分