二次报销使用新农合进行报销，到医院窗口或者新农合结算科进行报销。新农合二次报销流程。（1）出即时结算；因大病在当地的二甲医院或者定点医院就医的新农合参保人员，可以直接在医院收费窗口由医院垫付大病保险赔付资金，出院时自动依据新农合大病保险比例来报销，不需要额外办理报销手续。（2）出院后结算；如果是出院后办理报销结算，需要出院后需要携带相关材料到新农合结算科进行审核，符合条件者则可拿到新农合补偿款，不符合条件则按照一般住院报销比例进行报销。法律依据。《中华人民共和国社会保险法》。