（1）利益主体不同。工作秘密直接涉及的利益主体是有关国家机关，一旦泄露仅对有关国家机关履行国家赋予的权力和职责等局部利益造成危害；而国家秘密直接涉及的利益主体是国家，一旦泄露会对国家的整体利益造成危害。（2）确定方式不同。工作秘密的确定以各级国家机关自行确定为主，对少数中央国家机关有统一规定或明确授权的，才从其规定；国家秘密的确定必须依法进行，必须在国家保密工作部门会同有关中央国家机关制定和颁发的《国家秘密及其密级具体范围的规定》的范围内操作，不得随意确定。（3）标志不同。属于工作秘密的文件、资料及其他载体，可以以“内部”作标志，不得标上国家秘密的密级标志。