妨碍公务罪会有案底，因为妨碍公务罪属于刑事犯罪行为。凡是刑事犯罪行为，犯罪卷宗都要形成档案予以保存。犯罪记录要分别录入公检法相关系统。其中，人民检察院刑事诉讼的档案至少保存30年。【法律依据】。《中华人民共和国刑法》 第二百七十七条 以暴力、威胁方法阻碍国家机关工作人员依法执行职务的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者罚金。以暴力、威胁方法阻碍全国人民代表大会和地方各级人民代表大会代表依法执行代表职务的，依照前款的规定处罚。