灯塔系统是一款用于管理党组织关系的线上系统，而废件在计算机科学中通常指无法正常使用的软件或硬件组件。灯塔系统转移党员关系是一种在线操作，不能因为某个党员的无效操作而废件。在灯塔系统中转移党组织关系需要按照一定的流程和要求进行，如果某个党员的信息填写有误或不完整，系统会提示并要求其更正信息，而不是废件。然而，如果存在技术问题或系统故障导致无法完成党组织关系转移操作，这时可能需要联系灯塔系统的技术支持或相关职能部门协助处理，以避免影响操作结果。需要注意的是，不同地区可能存在不同的线上组织关系系统，并且数据可能不互通，因此具体情况需要参考当地政策和要求进行处理。