1、存在异构体或同分异构体：在不同的条件下，同一种化合物会形成多种异构体或同分异构体，它们的化学结构可能非常相似，导致碳谱相似度很高。因此，只依靠碳谱相似度不能完全确定化合物的化学结构。2、实验误差和影响因素：在实际的碳谱测量中，会存在一些误差和影响因素，如样品的制备、仪器的精度等等。这些因素会对碳谱峰位和强度造成影响，导致样品之间的碳谱相似度出现偏差。因此，只有在能够排除这些影响因素后，才能更准确地比较样品之间的相似性。