自然资源部职业技能鉴定指导中心和人力资源和社会保障部。GIS证书又叫GIS应用水平考试，考试分为一级、二级和三级。通过全国GIS应用水平考试一级，可以获得自然资源部职业技能鉴定指导中心和人力资源和社会保障部联合签章的职业资格证书（四级），通过全国GIS应用水平考试二级的考生，可以获得三级职业资格证书。全国GIS应用水平考试是GIS领域唯一的专业技术水平认证，证书全国通用，自然资源部职业技能鉴定指导中心和人力资源和社会保障部联合签章的职业资格证书也是对持证者职业资格的认同。