1、评价的指标不同，一般营利性项目采用财务评价指标判断项目的优劣，主要以盈利能力评价指标为主，公益性项目投资的目的是谋求社会效益，一般采用费用效益分析法来判断项目的优劣。2、费用和效益的度量不同，一般营利性项目评价直接应用各种财务评价指标计算即可，公益性项目评价效益和费用针对的主体不同，而且公益性项目几乎都有多方面的无形效果，只能寻找其他方法对项目的无形效果进行评价。3、评价结论的协调难度不同，对营利性项目进行财务评价时，从各个盈利能力指标来看，各利益主体之间的关系基本上也是协调的，然而不同的社会群体对公益性项目的关注点往往不同，公益性项目对他们产生的影响也不同，协调的难度比较大。