1、原理不同：BART是一种基于限制性片段长度多态性的转换分析方法，通过对细菌基因组DNA的限制性内切酶切割产生的DNA片段进行PCR扩增和电泳，然后使用Bayesian统计模型对PCR产物的多态性进行分析，从而且得出微生物群落组成信息，M则是一种基于高通量测序技术的微生物群落组成分析方法，通过对样品中微生物基因组DNA的PCR扩增，然后使用高通量测序技术对PCR产物进行测序，从而且得出微生物群落组成信息。2、数据分析不同：BART方法使用的是Bayesian统计模型对PCR产物的多态性进行分析，从而且得出微生物群落组成信息，而M则是通过高通量测序技术对PCR产物进行测序，然后使用基于序列相似性或OTU聚类的方法对微生物群落进行分类和定量分析。