直接控股与间接控股主要的区别在于所有权和控制权的分配方式。首先，从性质上区分，直接控股意味着企业最大股东直接拥有50%以上的股份，拥有公司的决定权，而间接控股则是通过控股母公司这一中介结构，母公司持有子公司超过50%的股份，从而间接控制子公司。最终控股者通常是公司的实际掌控人，他们可能不直接持有股份，但对公司决策有最终的话语权。在持股人身份上，直接控股和最终控股的股东身份一致，均为公司所有者，而间接控股则涉及两个层次的股东，即母公司的股东和被控股子公司的股东。此外，间接控股可能通过复杂的层级结构，如父子孙结构或联属结构实现，如母公司通过子公司间接拥有乙公司56%的股权，尽管持股比例分散，但控制权集中在母公司手中。