当涉及非同一控制下的企业合并时，发行股票的费用处理方式是计入当期损益。这是指这些费用直接与企业的当前利润或亏损相关，通常在会计科目表中的损益类科目中反映，并会在月底结转至本年利润账户。根据《关于印发企业会计准则解释第4号的通知》的解释，购买方在合并过程中支付的审计、法律服务、评估咨询等中介费用以及相关管理费用，应当在费用发生时直接计入当期损益。而发行权益性证券或债务性证券的交易费用，则应被计入这些证券的初始确认金额。