医保余额是否每年清零，答案取决于您所在地的具体。以深圳市为例，根据《深圳市社会医疗保险办法》的规定，参保人的医疗保险待遇自办理参保手续并缴交费用的次月1日起生效。每月20日前申报参保的，当月生效；20日后申报的则次月生效。该办法自2014年起实施，之前的相关规定在施行后被替代。《深圳市社会医疗保险办法》明确了多层次的保险制度，负责基本医疗保险和地方补充医疗保险，以保障广覆盖、保基本。所有用人单位、职工及个人都应按照规定参保。基本原则包括公平、效率、权利与义务对应，以及保障水平与社会生产力发展水平相适应。深圳市社会保险行政部门主管医疗保险工作，具体实施由社会保险机构负责，相关部门也参与相关管理工作。