鱼的内部结构详尽而独特，主要包括骨骼、肌肉和呼吸、排泄及生殖器官。骨骼分为内外两部分，外骨骼保护着鳞片、鳍条和棘刺，内骨骼则包括头骨、脊柱和附肢骨骼。头骨由脑颅和咽颅组成，脑颅保护脑，咽颅则支撑着颌、舌和鳃。脊柱由体椎和尾椎构成，特征性地具有双凹椎体。附肢骨骼按支持的鳍分类，偶鳍和奇鳍骨骼各有特点。肌肉部分，鱼类的躯干和尾部由肌节构成，形成分节现象，轴上肌和轴下肌负责不同部位的运动。呼吸器官是鱼类的重要组成部分，硬骨鱼类的鳃片位于两侧，由鳃弓、鳃片和鳃耙组成，进行气体交换。排泄器官主要由肾脏负责，位于腹腔背部，同时鳃也有排泄功能，排除氨、尿素等物质。