农业银行卡在农村信用社的自动取款机上是可以进行取款操作的，但需要注意的是，这种取款可能会产生跨行手续费。具体的费用标准会根据取款地点（同城、省内、省外或境外）和银行类型有所不同。例如，农业银行在同城和省内取款收取4元每笔的固定费用，而在省外则为交易额的1%（最低1元，无上限）加收2元每笔。其他银行如中国银行、建设银行等，跨行费用各不相同，有的按照交易金额的百分比加收，有的则直接收取固定金额加上手续费。具体如下：中国银行：同城4元，省内9元，省外12元，境外15元。建设银行：同城0.5%加2元，异地1%加2元。交通银行：同城2元，异地0.8%加2元，最低10元，最高100元。民生银行：同城免费，异地5元。华夏银行：同城免费，异地2元。