1、农村商业银行和农村信用社属于不同的法人，除了都是以农村地区的居民为主要服务对象外，二者没有太大的关系，但有些农村商业银行是通过农村信用社改制来的。2、农村信用社和农商银行在性质、股东结构和治理结构上都有区别，性质上农村商业银行是按照商业银行的标准运营的股份有限公司，而农村信用社是由社员入股成立的金融合作组织；在股东结构上农村商业银行的股东可以是个人，也可以是工商户和企业，而农村信用社的股东是由社员构成的；在治理结构上农村商业银行用的是商业银行的标准，相对来说比较规范。而农村信用社是由社员自主管理，相对简单。