1、形式不同。农村合作医疗：由国家牵头，并由当地的组织、引导的一种医疗保障体系，一般农民多为自愿加入，不管是小病还是大病都有相应的医疗互助互惠保障。而资金一般由补贴、村集体扶持、个人联合缴费的形式，以建立最基本的社会保障形式。社保：指用人单位给予劳动者的几种保障性待遇的合称，包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险、生育保险，一般指为没有劳动能力和没有劳动岗位的人提供社会性的一种福利保障制度。2、享受待遇不同。农村合作医疗：是在农村必须是农村户口才能参加新农合，当年缴费，次年需再交钱才可以享受新农合。社保：是覆盖所有单位和职工的，参保人在完成交费年限后便可以终身获得享受。3、保障力度不同。