工藤新一在大结局死亡。最后是在黑衣组织做交易时发现工藤新一看到他们时，一枪将工藤解决掉，也就没有名侦探柯南了，连工藤新一都会消失在这个世界。灰原的结局也是比较美好的，至少是见到了自己的父母，而小哀的父母也在之前的剧情中出现过，最后一直讨论会有人牺牲，根据爆料看大概率是元太，但是官方也会根据观众的情绪而修改，这份爆料就图一乐。最狗血的结局。之前作者好像暗示了有人最后会受伤，那不妨大胆假设一下。在故事的最后，一些的谜团都已经解开，但是黑衣人的BOSS并没有就范，而是在众人的合围之下依然进行了强烈的反抗，在此过程中，大BOSS拔枪射向了柯南。此时，小兰为柯南挡下了这一枪，虽然没死，却进入了长期昏迷的状态。故事的最后一个画面就是已经恢复了的工藤新一站在了小兰的病床前，开放式结局。