企业汇算清缴各项费用扣除比例有。1、合理的工资薪金支出扣除比例：100%。2、职工福利费支出扣除比例：14%。3、职工教育经费支出扣除比例：8%。4、工会经费支出扣除比例：2%。5、补充养老保险和补充医疗保险支出扣除比例：5%。6、党组织工作经费支出扣除比例：1%。二、分析；汇算清缴是指申报交纳企业所得税的各种经济性质的单位，年终汇算清缴时，需要向主管税务机关提交的审核文件，以确认企业所得税纳税申报表中反映的情况是否真实、合理，是否符合国家税收政策的规定。所得税等税种，通常按纳税人的全年应税收入额为计征依据，在年度终了后，按全年的应税收入额，依据税法规定的税率计算征税。为了保证税款及时、均衡入库，在实际工作中，一般采取分月、分季预缴税款，年终汇算清缴，多退少补的征收办法。