申请退税还要补缴的原因。1、同时在两个或两个以上单位就职并领取工资的。2、预扣预缴时扣除了不该扣除的项目，或者扣除金额超过规定标准，年度合并计税时因调减扣除额导致应纳税所得额增加。3、纳税人年中更换过公司，而后面的公司没有收入发放信息，以第一个月为起始月份，导致税率适用较低档，而年终汇算时适用较高档税率的。4、纳税人还存在除工资外的其他所得，各项所得加总后导致适用的税率高于预缴税率的。二、分析详细；通常因为预扣预缴和汇算清缴采用的计算方法不同，工资、酬劳、稿费、特许使用权等的所得在预缴时是分开来计税的，而汇算清缴则是将全部计入综合所得来计税，在年度汇算的时候就产生了差异。三、什么情况下会退税。