1、病原体不同：马铃薯晚疫病是由病菌Phytophthorainfestans引起的，而马铃薯黑胫病是由病菌Rhizoctoniasolani引起的。2、病害部位不同：马铃薯晚疫病主要引起马铃薯叶片和茎部的病害，其症状表现为叶片出现水渍状斑点，并逐渐扩散、变成灰黑色，茎部也会出现黑褐色病斑。而马铃薯黑胫病主要发生在马铃薯的地下茎部，其症状表现为马铃薯的皮肤出现黑褐色的病斑，病斑逐渐扩大，可以影响到马铃薯的品质和产量。3、感染方式不同：马铃薯晚疫病主要通过空气传播和雨水传播，感染范围广，易于传播。而马铃薯黑胫病主要通过土壤传播，需要特定的环境条件才能发生感染。