1、二者机构设置不同，劳动争议仲裁的委员会在各个县，区都有设立，民商事仲裁的仲裁委员会是在直辖市，省会，设区的市设立，且各地仲裁委员会是相互没有隶属关系。2、二者适用范围不同，劳动争议仲裁解决的是用人单位与劳动者发生的劳动争议，民商事仲裁解决的是平等主体的公民，法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，即经济类纠纷，是不包括与身份有关的纠纷，劳动争议，农村集体经济组织内部的农村承包合同纠纷以及行政争议。3、二者管辖方式不同，劳动争议仲裁是劳动争议当事人向人民法院提起诉讼的必经程序，即劳动仲裁为前置程序，民商事仲裁是要以有效的仲裁协议为前提，仲裁委员才会具有案件管辖权。