扫描电镜和透射电镜的区别在结构、基本工作原理和对样品的要求上。1、结构差异；主要体现在样品在电子束光路中的位置不同。透射电镜的样品在电子束中间，电子源在样品上方发射电子，经过聚光镜，然后穿透样品后，有后续的电磁透镜继续放大电子光束，最后投影在荧光屏幕上。扫描电镜的样品在电子束末端，电子源在样品上方发射的电子束，经过几级电磁透镜缩小，到达样品。当然后续的信号探测处理系统的结构也会不同，但从基本物理原理上讲没什么实质性差别。2、基本工作原理；（1）透射电镜：电子束在穿过样品时，会和样品中的原子发生散射，样品上某一点同时穿过的电子方向是不同，这样品上的这一点在物镜1~2倍焦距之间，这些电子通过物镜放大后重新汇聚，形成该点一个放大的实像，这个和凸透镜成像原理相同。