1、整体效应原理：强调农业生态系统是一个有机的整体，具有自组织、自适应、自调节和自恢复的能力，需要考虑系统内部各要素之间以及系统与外界之间的相互作用和影响，从而实现系统的最优化。2、生态位原理：指出不同物种在群落中占据不同的时间、空间和功能位置，形成各自的生态位，通过生态位分离或重叠，实现物种间的协调和平衡，提高资源利用效率和生物多样性。3、食物链原理：说明了农业生态系统中能量和物质的流动和转化路径，通过食物链加环或减环技术，延长食物链长度，增加系统的产出效果，同时减少废弃物排放，降低环境污染。4、物质循环与再生原理：阐述了农业生态系统中物质在系统内部和外部的循环利用和再生利用过程，通过利用微生物、植物、动物等多种手段，实现废弃物资源化利用，减少对外部资源的依赖，提高系统的自给性。