学校自1958年成立以来，经历了多次整合与改革，逐步形成了今天的规模和体系。1978年，中南大学湘雅医学院湘西分院和湘潭大学湘西分校分别并入吉首大学，学校开始发展医学和体育教育。2000年，吉首卫生学校并入吉首大学，进一步扩大了医学教育的范围。2001年，湘西民族教育学院与吉首民族师范学校合并，组建了吉首大学师范学院，增强了师范教育的实力。2002年，武陵高等专科学校（武陵大学）并入吉首大学，成立了吉首大学张家界校区，拓展了学校在张家界地区的影响力。