一、物质不同；1、次甲基蓝：甲基蓝的代称，是一种芳香杂环化合物。2、亚甲基蓝：是一种吩噻嗪盐，正电荷不稳定。二、用途不同；1、次甲基蓝：被用作生物染色剂，用于动物组织学中原生动物活体、细菌、神经细胞的染色。医用消毒剂。2、亚甲基蓝：亚甲基蓝广泛应用于化学指示剂、染料、生物染色剂和药物等方面。三、指示剂反应不同；1、次甲基蓝：深蓝色粉末。系强酸性染色剂。闪光红棕色粉末。极易溶于冷水和热水中，呈蓝色。溶于酒精呈绿光蓝色。遇浓硫酸呈红棕色，将其稀释后呈蓝紫色。2、亚甲基蓝：无水亚甲基蓝是金红色闪金光或闪古铜色光的粉状物，溶于水，酒精，氯仿，不溶于乙醚，其溶液为蓝色；遇浓硫酸呈黄光绿色；稀释后呈蓝色水溶液中加入氢氧化钠溶液后呈紫色或出现暗紫色沉淀。