二者可以从以下四方面区分。1、二者的概念不同。单位：一般指国有公司或者政府独立的行政机构或者组织。部门：指独立组织的某功能部分或组成某一整体的部分和组织。2、二者的含义不同。单位：通俗的理解是具有独立法人的行政、企事业单位。部门：通俗的理解是指机构内部设立的工作部门。3、二者的性质不同。单位：一般相对于个人而言，单位一般是法人，是一个比较完整的、相对独立的社会组织。部门：一般是若干个性质相同或相似的一类单位，不过部门也可以指一个单位内部的工作机构，如政府的工作部门教育部、外交部等。4、二者所指的范围不同。单位：一般范围较广，包括政府职能部门和各级人民政府本身，以及各级人民政府和职能部门的派出机构。