1、属性不同。正科长级，仅仅是一个岗位职能。一般指行使政府给予的职能，属于有责任的部门担任者，在中国国家公务员体系中处于9-13级。正科级就是乡级正职 ，是国家公职人员的行政职务级别，是最基层的领导层级。国家部级机关下设司局级、县处级、科级等层级。2、范围不同。科长特指处以下的行政或技术管理单位的领导。有些企业的管理部门也按处、科等称谓设置，但其并不对应相应的行政级别，也与国家机关或政府部门的相应职位的待遇无关。正科级干部就是乡科级正职，有领导职务（如：乡长、科长等）和非领导职务（如：主任科员）之分，一般是九到十二级，处于副科级和副处级之间。3、划分机构不同。正科长级属于国家部级机关下设层级，分为司局级、县处级、科级等层级。