主要区别有，地理位置不同、规模不同、历史不同，具体如下：一、地理位置不同；1、东莞站；位于东莞市石龙镇西湖区环湖西路西南侧。2、东莞东站；位于东莞市常平镇麦元村常东路与东站路交叉口西北侧400米处。二、规模不同；1、东莞站；建筑面积3.74万平方米（截至2018年7月），候车厅面积1.984万平方米，站台规模为3台8线（截至2018年7月），设计最高日均旅客发送量6万人次。2、东莞东站；2.3万平方米（截至2018年7月），候车室面积9390平方米，站台规模为3台8线（截至2018年7月）车站日均发送旅客可达5至6万人次。三、历史不同；1、东莞站；