本系以培养本科生为核心任务，学制设定为四年。专业招生方向在2002至2008年间为应用生物科学（理学学位），自2009年起，改为应用生物科学农业生物技术方向（农学学位），并首次列入浙江大学大类提前批招生。2010年，专业方向再次调整为应用生物科学（农学学位）。为了培养全面发展的创新型人才，本专业根据“宽口径、厚基础、适应性强、多学科交叉培养”的理念，从课程体系、课程教学和学生创新能力实践训练等方面入手，积极探索创新的本科教育模式。同时，推动国际化教育进程，初步构建了应用生物科学系创新型本科人才培养体系，并在实践中取得了显著的成效。详情。