1、相关技术不同。蛋白质分子的结构规律及其生物功能的关系作为基础，通过化学、物理和分子生物学的手段进行基因修饰或基因合成；基因工程是核酸凝胶电泳技术、核酸分子杂交技术、细菌转化转染技术、DNA序列分析技术、寡核苷酸合成技术、基因定点突变技术、聚合酶链反应技术。2、物质运用不同。蛋白质工程可以制造一种新的蛋白质；基因工程只能利用已有的现实中已存在的基因。3、实施对象不同。蛋白质工程是对于蛋白质而言的改造和制造；基因工程是在分子水平上对基因进行操作的复杂技术。扩展资料。基因工程的应用。1、美国新泽西州圣巴纳巴斯医学中心生殖医学科学研究所的科学家，利用一项新技术改造了遗传给下一代的基因，制造出30个健康的转基因宝宝。