同时鸡粪本身带有大量病菌，给作物带来病害隐患。因此须将鸡粪进行无害化处理和腐熟完全后才能施用于作物。传统方法是将鸡粪密封堆沤，进行厌氧发酵，一般要3—4个月才能腐熟，现在通过生物技术，采用好氧发酵，腐熟速度比传统的快10—20倍，将鸡粪的蛋白质等大分子分解成小分子，作物可直接吸收。腐熟完全的鸡粪已基本闻不到臭味。因此通过生物技术，将鸡粪进行灭菌、无害化处理和腐熟彻底，生产出来的有机肥料在所有有机肥料中是最好的。