1、细胞壁组成、厚度不同。G﹢菌细胞壁较厚，细胞壁主要由肽聚糖和包括磷壁酸的酸性多糖构成，肽聚糖网状分子形成一种透性障，壁厚约20-80nm，有15-50层肽聚糖片层，含20-40%的磷壁酸。Gˉ菌细胞壁较薄，交联松散，壁厚约10nm，仅2-3层肽聚糖，另外还有脂多糖、细菌外膜和脂蛋白。2、使用乙醇脱色时形态变化不同。G﹢菌当用乙醇脱色时，肽聚糖脱水而孔障缩小，故保留结晶紫-碘复合物在细胞膜上。而Gˉ菌用乙醇脱色，不能使其结构收缩，其脂含量高，乙醇将脂溶解，缝隙加大，结晶紫-碘复合物会溶出细胞壁。3、颜色不同；革兰氏菌G﹢被龙胆紫等染色剂染色后，细菌细胞仍然保留初染结晶紫的蓝紫色，而Gˉ菌经过染色后细菌细胞则先脱去了初染结晶紫的颜色，带上了复杂蕃红或沙黄的红色。