霉菌毒素的检测方法很多，但由于霉菌毒素的化学结构和物理化学特性复杂，在样品中分配不均和基质的干扰，使其分析更加复杂。饲料的样品基质对霉菌毒素的影响最大，因为饲料是由多种物质混合在一起的，不同的物质中的霉菌毒素检测的程序是不同的。通常，首先要对怀疑被污染的物质进行严格的样品处理，从样品中提取毒素，分析之前再进行洗脱除去杂质的干扰。在实际的分析中，有些方法可直接进行分离和定量，有些方法在分离和定量之前需要对霉菌毒素进行衍生。有些霉菌毒素具有一个荧光特性的发色基团，如黄曲霉毒素(AF)、赭曲霉毒素(OT)、玉米赤霉烯酮(ZE)，样品的提取物经常用薄层色谱(TLC)和高效液相色谱(HPLC)来分离结构相似的化合物和污染物。