单纯的这个内部培训协议是合法的。如果不够3年就扣除你近2000元工资属于违约金，但是违约金不得高于单位培训你的剩余费用。而且还有一个很重要的问题，单位没有根据协议给你涨工资，这个属于单位违约，既然单位违约你也就没有必要遵守这个三年之约，单位也就没有资格扣你工资了，把这个协议收好，这个是重要的证据。根据《中华人民共和国劳动合同法》第二十二条　。用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。