毕业生网上签约与三方的区别为：签约方式不同、报到证件不同、档案转递不同。一、签约方式不同；1、网上签约：网上签约是毕业生通过高校毕业生就业信息网与用人单位签约。2、三方签约：三方签约是毕业生通过纸质三方协议与用人单位签约。二、报到证件不同；1、网上签约：毕业生凭网上签约后的打印证明信息，可以直接去用人单位报到就业。2、三方签约：毕业生凭报到证、户口迁移证、三方协议去用人单位报到就业。三、档案转递不同；1、网上签约：学校依据网上签约的用人单位所在地区信息，进行档案转递。2、三方签约：学校依据毕业生上交的三方协议复件里的用人单位所在地区信息，进行档案转递。