一、分析对象差别。1、气相色谱仪的分析对象。(1)能气化、热稳定性好和沸点较低的样品。(2)高沸点、挥发性差、热稳定性差、离子型及高聚物样品不能检测。(3)仅占有机物的15%～20%左右。2、高效液相色谱仪的分析对象。(1)溶解后能制成溶液的样品。(2)不受样品挥发性和热稳定性的限制。(3)分子量大、难气化、热稳定性差、高分子和离子型样品均可检测。(4)应用广泛，占有机物的80%～85%左右。二、流动相差别。1.气相色谱仪的流动相。(1)流动相为惰性气体。(2)组分与流动相之间无亲合作用力，只与固定相作用。2.高效液相色谱仪的流动相。(1)流动相为液体。(2)流动相与组分之间有亲合作用力，为提高柱的选择性和改善分离度增加了因素，对分离起很大作用。(3)流动相种类较多，选择余地大。