甲基化C碱基在基因组上的分布包含三种形式（CG.CHG和CHH，其中H代表A 或T或C碱基）。就这个意思在植物中的甲基化分三种类型：CG，CHG，CHH，其中C是加上甲基的胞嘧啶，H是任何除了G之外的核苷酸残基。这几种甲基化的不同在于它们建立，维护以及遗传的原理；而且它们在基因组调节过程中的作用不同，这样就会对机体的特性—或者称为表型产生不同的影响。以前在几种不同植物中通过对全基因组范围的甲基化特性分析确认了许多可变的DNA甲基化区域。限制性内切酶 它能识别特定的核苷酸序列 并在特定的切点上切割DNA分子。一种限制性内切酶只能识别一种特定的核苷酸序列。