违规运输香烟超过两条的处罚是根据烟草专卖品价值的20%到50%之间的罚款。超过准运证规定数量的托运或自运烟草专卖品的，将受到烟草专卖行政主管部门的罚款，并可按国家规定的价格收购违规运输的烟草专卖品；情节严重者将没收违规运输的烟草专卖品和违法所得。法律分析；快递香烟超过两条的处罚：运输烟草专卖品价值20%以上50%以下的罚款。超过准运证规定的数量托运或者自运烟草专卖品的，由烟草专卖行政主管部门处以罚款，可以按照国家规定的价格收购违法运输的烟草专卖品；情节严重的，没收违法运输的烟草专卖品和违法所得。拓展延伸；快递公司如何确保遵守香烟规定并维护合规性。