徇私舞弊抵扣税款罪应当是按照5年以下的有期徒刑或者是拘役来进行处罚，徇私舞弊抵扣税款罪的判刑，是根据《刑法》第四百零五条。【徇私舞弊发售发票、抵扣税款、出口退税罪】税务机关的工作人员违反法律、行政法规的规定，在办理发售发票、抵扣税款、出口退税工作中，徇私舞弊，致使国家利益遭受重大损失的，处五年以下有期徒刑或者拘役；致使国家利益遭受特别重大损失的，处五年以上有期徒刑。【违法提供出口退税证罪】其他国家机关工作人员违反国家规定，在提供出口货物报关单、出口收汇核销单等出口退税凭证的工作中，徇私舞弊，致使国家利益遭受重大损失的，依照前款的规定处罚。二、徇私舞弊抵扣税款罪与它罪的区别是什么。(一)区分罪与非罪的界限。