如果主犯跑了并且长时间不能抓捕归案的，司法机关需要在规定的时间内对案件进行处理，可以先行对从犯开庭审理。《中华人民共和国刑事诉讼法》。第二百零人民审理公诉案件，应当在受理后二个月以内宣判，至迟不得超过三个月。对于可能判处死刑的案件或者附带民事诉讼的案件，以及有本法第一百五十六条规定情形之一的，经上一级人民批准，可以延长三个月；因特殊情况还需要延长的，报请最高人民批准。人民改变管辖的案件，从改变后的人民收到案件之日起计算审理期限。人民补充侦查的案件，补充侦查完毕移送人民后，人民重新计算审理期限。主犯的口供可以当证据吗。主犯口供可以当证据，但是不能是唯一证据。