个人所得税补发工资的计算方法是将所属月份的补发工资与原所属月份的工资薪金所得相加，减去费用减除额后，按适用税率计算应纳税额，再扣除速算扣除数，最后减去原所属月份已缴纳的个人所得税。法律分析；5000元起征，目前的普遍做法是允许还原至所属月份计算缴纳个人所得税，计算公式为：所属月份补发工资应纳税额=[(所属月份补发工资+原所属月份的工资薪金所得)―费用减除额]×适用税率-速算扣除数]—原所属月份已缴纳的个人所得税。拓展延伸；纳税申报流程和注意事项。