金腰燕的泥巢像一个葫芦瓢倒扣在天花板上，巢基部紧贴墙壁，巢口较小，仅能容一只燕子进出。巢是由金腰燕从水边取来的泥土黏结而成，内部铺垫物质大多为细小柔软的枯草、羽毛以及少量棉纱甚至碎纸等。在孵卵期之前筑好的巢如果破损，金腰燕就会弃巢另筑新巢，而如果是它们不小心从巢口处损坏的巢，金腰燕会很快修复。