1、巧克力囊肿没有自愈的方法。2、卵巢巧克力囊肿也称为卵巢子宫内膜异位囊肿，属于子宫内膜异位症的病变。患有巧克力囊肿需要根据囊肿的大小、CA125的数值和生育要求决定治疗方法。如果B超提示巧克力囊肿＜4cm，肿瘤标志物CA125稍微升高但不明显，没有任何症状，而且有生育要求，此时应尽快怀孕，妊娠期和哺乳期体内的雌激素较低，可给予卵巢休息，抑制巧克力囊肿生长甚至消失，但是恢复月经来潮后巧囊很易复发。如果巧囊≥4cm，合并痛经、不孕或发现巧克力囊肿时间很长、CA125突然间升高、影像学提示囊壁内有乳头，就需要及时手术治疗。