裸子植物和被子植物最主要的区别在于表面的不同，裸子植物的表面是裸露的，没有果皮包被，而被子植物是有果皮包被的，其次是构造的不同，被子植物的种子生在果实里面，除了当果实成熟后裂开时，它的种子是不外露的，裸子植物则不同，它没有果实这一构造，它的种子仅仅被一鳞片覆盖起来，不会把种子紧密地包被起来。

裸子植物：种子裸露，没有果皮包被，一般都是单性花，种子的胚具有2至多个子，不形成果实，木质部中一般没有导管，只有管胞，韧皮部中没有伴胞，被子植物：种子不裸露，包被在果皮之内，大部分都是双性花，种子的胚具有1或2个子叶，要形成果实，有导管和伴胞。