第一，母乳性腹泻可能是前列腺素E2引起，母乳中 “前列腺素E2”含量较高，其主要功用在于促进小肠平滑肌的运动，催生水分，增加电解质的产生，这会增加宝宝的排便次数，亦会使得便便呈现出稀溏状。第二，母乳性腹泻可能是乳糖不耐受引起的，是指婴儿体内缺乏“乳糖酶”，因为对母乳中的乳糖无法吸收。乳糖不耐受也分原发性和继发性两种。第三，母乳性腹泻可能是原发性乳糖不耐受引起的，如果是这种情况，则不需要改喂牛奶，婴儿机体会渐渐适应，乳糖酶活性亦会增加，随着辅食的添加就会逐渐好转。另外需要注意，母乳喂养的妈妈在乳房吸空后不要让婴儿继续吮吸，否则乳汁中脂肪含量增加可能引起脂性消化不良。