1、主要原辅料来源不同。2、安全性评价要求不同。3、功能性评价方法不同。主要原辅料来源不同：中药在药品和保健食品中均占有主要地位，中药作为药品原料，共计765 种，包括中药材以及中药饮片，其中618 种收载于2015 版中国药典，100 种收载于部颁标准，余下的收载于地方标准。保健食品已有规定可使用的中药类物品少于药品，为201 种，均属于安全性较高的物品。此外，保健食品属于食品，可使用某些具有一定功能的普通食品作为原料，如大蒜、香菇等，亦可以使用卫生部公告的新食品原料。保健食品服用方法仅限于口服，就口服剂型而言，药品和保健食品应用辅料的目的基本相同，均为成型、矫味等。由此可见，保健食品比药品具有更广泛的原辅料使用种类，除部分药用原辅料之外，还可以使用食品级的原辅料。